En marginal rute er en transport- eller flyrute, der kun lige akkurat er økonomisk bæredygtig. Det betyder, at indtægterne er lave i forhold til omkostningerne, og at selv små ændringer i passagertal, brændstofpriser, bemanding eller drift kan gøre ruten urentabel. Begrebet bruges ofte om flyruter, færgeforbindelser og andre trafiklinjer, hvor selskabet har en meget lille sikkerhedsmargin.
Hvad betyder "marginal" i denne sammenhæng?
I økonomi betyder "marginal" noget, der ligger på grænsen, eller som kun giver et meget lille ekstra overskud. En marginal rute er derfor ikke nødvendigvis en dårlig rute, men en rute, der kun fungerer under bestemte betingelser. Hvis der for eksempel kommer færre rejsende end ventet, eller hvis udgifterne stiger en smule, kan selskabet vælge at reducere frekvensen eller helt lukke forbindelsen.
Det handler altså om beslutninger på kanten af det rentable. Virksomheder vurderer ofte sådanne ruter ud fra, om den næste afgang eller den næste sæson stadig kan betale sig. Derfor hænger udtrykket sammen med økonomisk tænkning "på marginalen", hvor små ændringer kan få stor betydning for den samlede drift.